Archäologische Forschungen belegen, dass die Stadt seit über 3000 Jahren existiert. Fast 1000 Jahre bis zum 6. Jahrhundert war Mzcheta Hauptstadt des iberischen Reichs, das neben den Königreichen Kolchis an der Schwarzmeerküste und Kartlien ein Vorgängerstaat des heutigen Georgien ist. Im Zentrum von Iberien gelegen, war Mzcheta eine der wichtigsten Handelsstädte zwischen Kaspischem und Schwarzem Meer an der Seidenstraße. Die römischen Historiker Strabon, Plutarch und Plinius berichteten über die Festungen der Stadt, von denen die Größte Armasis Ziche war. Ziche bedeutet im Georgischen „Festung“ und Armasi war der Gott der kaukasischen Iberer. Die Mauern der Festung umschlossen den Königspalast und den Tempel, vor dem eine große Statue des Gottes stand.

In Mzcheta und seiner Umgebung gibt es zahlreiche wertvolle Kulturdenkmäler. Sie gehören zum UNESCO-Welterbe. Unter ihnen befindet sich die mittelalterliche Swetizchoweli-Kathedrale („Lebensspendende Säule“).  Der Legende nach half ein Engel,  4 Jh n.Ch. die Säulen der ältesten am Ort gebauten Kirche zu setzen. Als Hauptreliquie wird in ihr ein Gewand Christi („Heiliger Rock“) verehrt 1Jh.n.Ch.   Die jetzige Kirche mit Emporen und einer hohen Kuppel auf vier wuchtigen Pfeilern wurde 1010 bis 1029 erbaut. Lange Zeit hindurch war sie die Begräbnisstätte der georgischen Könige aus der Dynastie der Bagratiden. Von Timur Lang zerstört, wurde sie im 15. Jahrhundert wieder aufgebaut.  Das seit einiger Zeit wiederbelebte Frauenkloster Samtawro mit seiner im 11. Jahrhundert erbauten Heiligen-Nino-Kirche zeichnet sich durch herrlichen plastischen Fassadenschmuck und reichhaltige Steinmetzarbeiten aus.  Seit 2014 werden in der Kirche die Reliquien des hl. Gabriel Urgebadze († 1995) verehrt.

Auf einem Vorsprung des Sagurami-Bergrückens, auf der anderen Seite des Aragwi-Flusses, erhebt sich Georgiens älteste Kreuzkuppelkirche im Dschwari-Kloster („Kreuzkloster“). Sie wurde 586 bis 604  an einer Stelle errichtet, wo der Überlieferung nach die Heilige Nino ein großes Holzkreuz errichtet hat. Bewundernswert sind die Maßverhältnisse,  der lakonische Schmuck,  der tief durchdachte Baukörper und das vollendete Mauerwerk.  

Mzcheta  ist die Hauptstadt der Region Mzcheta-Mtianeti im Osten Georgiens  und  ein religiöses Zentrum des Landes.